Det Nordiska Biblioteket, som grundades 1995, administreras gemensamt av Danmarks, Finlands, Norges och Sveriges respektive institut i Athen. Dess bokbestånd uppgår till omkring 40 000 volymer med anknytning till det antika Grekland. Biblioteket, som är beläget i samma kvarter som Finlands Athen-institut, riktar sig främst till nordiska forskare och studeranden.

Finlands Athen-instituts eget handbibliotek

I institutet finns det dessutom ett litet handbibliotek omfattande främst antika auktorers texter, uppslagsverk samt modern skönlitteratur från Finland och Grekland. Bibliotekets kärna består av den framlidne professor Henrik Zilliacus boksamling.