Finlands Athen-institut har sedan 1999 organiserat regelbundet återkommande introduktionskurser om det antika Grekland. Från och med 2006 har denna kurs i samarbete med Finlands Rom-institut utvecklats till en introduktionskurs om det antika Grekland och Rom. Utöver detta organiserades sommaren 2006 i samarbete med Helsingfors och Uleåborgs universitet en kurs i arkeologiskt fältarbete i Thesprotia.

Förutom egen kursverksamhet bistår institutet i möjligaste mån kurser och exkursioner som organiseras av andra finska vetenskapsinstitutioner. Institutet har t.ex. bidragit till organiserandet av kurser i klassisk filologi, historia, arkeologi, filosofi, litteratur, teatervetenskap samt nygrekiska.